公司缴纳五险一金是从工资里扣吗

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在用人单位未给劳动者缴纳五险一金的情况下，应当由用人单位承担责任，使劳动者获得相应的社会保险待遇，就如同用人单位已经为劳动者缴纳了社会保险费一样。在第三人侵权的情况下，缴纳了医疗保险的劳动者享有获得基本医疗保险基金先行支付的权利，那么在用人单位未给劳动者缴纳医疗保险时，员工就有权要求用人单位承担先行支付医疗费用的责任。
法律依据:

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是需要问清楚的。规定的计算方法一般以上一年度本人工资收入为缴费基数。（
1）职工工资收入高于当地上年度职工平均工资300%的，以当地上年度职工平均工资的300%为缴费基数；（
2）职工工资收入低于当地上一年职工平均工资60%的，以当地上一年职工平均工资的60%为缴费基数；（
3）职工工资在300%—60%之间的，按实申报。职工工资收入无法确定时，其缴费基数按当地劳动行政部门公布的当地上一年职工平均工资为缴费工资确定。每年社保都会在固定的时间（3月或者7月，各地不同）核定基数，根据职工上年度的月平均工资申报新的基数，需要准备工资表这些证明。

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对于灵活就业人员而言，可以自己缴纳的险种只有养老保险、失业保险和医疗保险，目前这两种保险普遍被纳入灵活就业人员的社保缴纳范围，而非灵活就业人员则无法参加生育保险、工伤保险，因为这三种保险项目需要用人单位参与缴费，而灵活就人员没有在用人单位工作，不具备缴纳条件。
具体到哪个部门办理，各地情况有所不同，五险一般由社保部门或地税部门征收一金一般由住房公积金管理部门或地税部门征收。但五险的管理部门是社保部门，一金的管理部门是住房公积金管理部门。