注册公司服务机构扣押公司公章，是否合法

解析：
私自扣留公司或组织专属印章被视为一种非法行径。
若之后其人为达到某种不法目的而进行诸如伪造、篡改甚至倒卖政府机构、社会团体、企业、事业单位或其它各种类型的机构所颁发的公文、证书、证明性文件以及专属印章等行为时，依据相关法律规定，将面临长达十天至十五天的行政拘留处罚，同时还可能被处以金额不超过一千元的罚款。
对于情节较为轻微者，则可能会受到五天至十天的行政拘留处罚，并且可能会被处以金额不超过五百元的罚款。
法律依据：
《治安管理处罚法》第五十二条
有下列行为之一的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款；
情节较轻的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款：
（一）伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的；
（二）买卖或者使用伪造、变造的国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件的；
（三）伪造、变造、倒卖车票、船票、航空客票、文艺演出票、体育比赛入场券或者其他有价票证、凭证的；
（四）伪造、变造船舶户牌，买卖或者使用伪造、变造的船舶户牌，或者涂改船舶发动机号码的。