两轮摩托车被扣，合格证发票行驶证绿本丢失，只有交强险?

可以。
1、摩托车交通事故无驾驶证有行驶证交强险要赔偿的。
2、法律依据：《机动车交通事故责任强制保险条例》第21条规定：“被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失的，由保险公司依法在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。道路交通事故的损失是由受害人故意造成的，保险公司不予赔偿。” 　　但有下列情形之一的，保险公司在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿：
1.驾驶人未取得驾驶资格或者醉酒的；
2.被保险机动车被盗抢期间肇事的；
3.被保险人故意制造道路交通事故的”。 　　最高人民法院《关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第18条的规定，有下列情形之一导致第三人人身损害，当事人请求保险公司在交强险责任限额范围内予以赔偿，人民法院应予支持：
1.驾驶人未取得驾驶资格或者未取得相应驾驶资格的；
2.醉酒、服用国家管制的精神药品或者麻醉药品后驾驶机动车发生交通事故的；
3.驾驶人故意制造交通事故的。