如何约定施工协议纠纷

结论：以书面形式约定。
解析：
依照我国法律规定，协议双方当事人可以在协议中约定，发生纠纷时由哪个法院管辖；并且此种约定管辖优先于一般管辖。约定管辖须注意以下条件：
1、施工协议纠纷约定管辖法院的，必须通过书面形式表现出来。；形式可以是协议中的协议管辖条款，也可以是在诉讼前达成的选择管辖的协议。
2、选择的管辖法院的范围是限定的，即只能是在被告住所地、协议履行地、协议签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院中进行选择。
3、当事人选择的管辖法院必须是明确的。
4、约定管辖不得违反民事诉讼法对级别管辖和专属管辖的规定，如本应由中级人民法院管辖的案件就不能协议约定由基层人民法院管辖，本应由不动产所在地法院管辖的案件就不能协议约定由不动产所在地之外的法院管辖。
法律依据：
《民事诉讼法》第三十五条
合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。