请问商铺租凭稅，在合同中约定由承租人承担

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已经成为事实合同关系，没有签订书面合同视为口头合同，没有什么其他法律责任。一般的事项按惯例，不明确的可以双方协商确定。

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根据你的问题解答如下,
一、门面租凭税由谁来承担
按照税法规定，店面出租涉及到的税种有：营业税(服务业—租赁业)5%及附加，个人所得税(财产租赁所得)20%，房产税12%;
税种规定的纳税人都是出租方，承租方只需要取得即可，实际操作中，也有承租方为了取得代缴税款的情况。
二、如何缴纳门面税
房产税：按租金收入的12%在出租房产之次月起缴纳房产税;城镇土地使用税：出租的房屋位于城镇土地使用税开征范围内，应按房屋土地(含出租的院落占地)面积，依土地的等级及适用的土地等级税额，计算缴纳城镇土地使用税。
营业税：按租金收入的5%缴纳营业税;城建税和费附加：个人在缴纳营业税的同时，应以缴纳的营业税额为计税依据，按适用比率税率缴纳。其中：费附加为3%，城市维护建设税按纳税人所在地区不同分为(城市7%、县城及建制镇5%、农村1%)。
印花税：签订合同时按双方订立的书面租赁合同所确定租赁金额的千分之一贴花，税额不足1元的，按1元贴花。
三、房屋租赁行业税率是多少
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔〕36号)规定：
1、5月1日起，不动产租赁服务税率为11%。
2、一般纳税人出租其4月30日前取得的不动产，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额。纳税人出租其4月30日前取得的与机构所在地不在同一县(市)的不动产，应按照上述计税方法在不动产所在地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。
3、一般纳税人出租其5月1日后取得的、与机构所在地不在同一县(市)的不动产，应按照3%的预征率在不动产所在地预缴税款后，向机构所在地主管税务机关进行纳税申报。
根据上述规定，您单位出租4月30日前取得的不动产，自5月1日起，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额。