国土部门有权查封小产权房吗

法院对小产权房不查封的，法院查封的是真正合法有效的产权证，而小产权房不是合法有效的产权证。首先需要了解小产权房的概念。
所谓“小产权房”是指在农民集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，所以叫做“乡产权房”，又叫“小产权房”。乡镇政府发证的所谓小产权房产，实际上没有真正的产权。这种房没有国家发的土地使用证和预售许可证，购房合同国土房管局也不会给予备案。所谓产权证也不是真正合法有效的产权证。
根据现行相关法律规定，通常是在提起财产保全或强制执行的程序时，人民法院将有可能对房产进行查封。手续如下：
1、法院向国土房产部门发出《协助执行通知书》及附带的法律文书；
2、办案人员向国土房产部门出示法院工作证，并分下列不同情形办理查封手续：
（1） 被查封的标的物已核发房地产证的，应提交国土房产局档案室出具的查册表；
（2） 被查封的标的物是预售商品房的，应提交房地产交易所出具的该预售商品房的交易情况表或该楼盘的明细表；
（3） 被查封的标的物是土地的，应先到国土房产局档案室查清该土地权属情况，并提交查册的书面结果。
3、国土房产部门根据法院提交的资料，进行查封处理。