工期延误违约金百分之三应该要怎么进行赔付的

限额为合同价款的5%。误期赔偿费列入竣工结算文件中，在结算款中扣除。 　　9.13.3　如果在工程竣工之前，合同工程内的某单位工程已通过了竣工验收，工期延误违约金比例且该单位工程接收证书中表明的竣工日期并未延误，而是合同工程的其他部分产生了工期延误，则误期赔偿费应按照已颁发工程接收证书的单位工程造价占合同价款的比例幅度予以扣减。

根据《建设工程工程量清单计价规范GB50500-2013（09）》的相关规定，合同工程发生误期的，除合同另有约定外，误期赔偿费的最高限额为合同价款的5%。承包人赔偿后，也不能免除承包人按照合同约定应承担的任何责任和应履行的任何义务。
二、法律依据：《建设工程工程量清单计价规范GB50500-2013（09）》
　　9.13　误期赔偿
　　9.13.1　如果承包人未按照合同约定施工，导致实际进度迟于计划进度的，发包人应要求承包人加快进度，实现合同工期。
　　合同工程发生误期，承包人应赔偿发包人由此造成的损失，