绩效资金是不可以从工资总额里面扣的，绩效工资一般是针对岗位核心职能的绩效考核结果来确定的，一般按绩效工资基数乘以绩效考核设定的系数来确定。 奖金是针对员工的特殊贡献和整体协作效果的，是根据企业、部门或项目的整体经营目标(一般以利润目标为基准)达成情况，来确定奖金总额基数，再按部门贡献率和个人贡献率来逐层划分的。奖金是按整体经营业绩比例提取的。
绩效工资属于奖金的一种，用人单位需要根据合法制定的考核制度对劳动法发放绩效工资。如果没有考核制度，用人单位不得随意克扣劳动者的绩效工资。否则属于用人单位克扣工资。
