1.设立方式不同
子公司一般是由包括公司在内的两个以上股东按照《公司法》的规定设立，注册应当符合《公司法》对设立条件及投资方式的规定，并到工商部门领取《企业法人营业执照》，子公司的名称最后一般是某某有限责任公司或某某股份有限公司。
公司设立分支机构，一般是由总公司在其住所地之外向当地工商机关提出设立申请，领取《营业执照》，分公司的名称最后都是某某分公司。
2.法律地位不同
子公司具有法人资格，拥有独立的名称、公司章程和组织机构，对外以自己的名义从事经营活动，并可以在其自身经营范围内独立开展各种业务活动、从事各类民事活动，独立承担公司行为所带来的一切后果和责任。但涉及公司利益的重大决策或重大人事安排，仍须由母公司决定。
分公司是由总公司在其住所地之外向当地工商部门提请设立的，其属于总公司的分支机构，不具有法人资格，无独立的名称、公司章程和组织机构，虽可以独立开展业务活动，但必须以总公司分支机构的名义从事经营活动，且只能在公司授权范围内进行。
3.受控制方式不同
母公司对子公司一般不直接控制，多采用间接控制方式，即通过做出投资决策以及任免子公司董事会成员来影响子公司的生产经营活动。
分公司则不然，其财产、业务、人事受总公司直接控制，并只能在总公司的经营范围内从事经营活动。
子公司具有法人资格，其以自身全部财产为其经营活动中产生的债务承担责任。
分公司不仅无独立财产，且在财务上须与总公司统一核算，分公司在经营活动中产生的债务，总公司必须以其全部财产为限承担清偿责任。
5.诉讼中的法律效果不同
我国法人制度的基本精神是法人仅以其自身财产承担民事责任，因子公司是独立法人，故子公司只须以其自身资产为限承担民事责任，除出资人(即子公司的各股东)出资不实或出资后抽逃资金外，无法清偿的部分出资人无须另行承担。
分公司不是独立法人，业务开展过程中出现不能履行债务的情形时，债权人可以要求总公司承担清偿义务，在诉讼中可直接以总公司为被告要求其承担责任。
