一、双方转让标的的称谓不同，因此主体双方的权利义务关系有区别。
1、有限责任公司转让股权实行严格的限制转让制度。对内主让与对外转让做了明显的区别：内部转让股权比较自由;对外转让股权实行严格限制，必须经全其他股东的过半数同意，经股东同意转让该股权，在同等情况下股东享有优先购买权，实行转让登记制度。
2、股份有限公司转让股权现对简单，实行自由转让。无论转让给内部股东还是外部投资者，都采取自由转让。但是《公司法》也对股份转让作了一定的限制：
(1)发起人持有的本公司股份，自公司成立之日起一年内不得转让。公司公开发行股份前已发行的股份，自公司股票在证券交易所上市交易之日起一年内不得转让。
(2)公司董事、监事、高级管理人员应当向公司申报所持有的本公司的股份及其变动情况，在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的百分之二十五;所持本公司股份自公司股票上市交易之日起一年内不得转让。上述人员离职后半年内，不得转让其所持有的本公司股份。
(3)公司不得收购本公司股份。但有《公司法》规定的除外。
(4)交易场所，股东转让其股份应当在依法设立的证券交易场所进行或者按照国务院规定的其他方式进行。
二、两者实质不同，因此两者转让的行为不同。
1、有限责任公司的股权转让是不完全独立的自由转让，原因是除了具有资合性，还具有较强的人合性。也是由于较强的人和性，有限责任公司的转让具有一定的封闭性，即对内开放，对外限制。
2、股份有限公司的股份转让，股份有限公司的股份转让是独立的转让，其本质是股份有限公司是完全的资合性公司。
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