存疑不起诉，又叫做证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，但是仍然认为证据是不足的，也不符合起诉条件的，从而作出的不起诉决定。
《人民检察院刑事诉讼规则》第二百八十七条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第一百四十条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。
北京刑事律师认为检察机关作出对存疑不起诉案件，发现新证据后提起公诉的规定，一方面违反了《刑事诉讼法》的规定，该法并未规定发现了新证据可以起诉;另一方面，该规定对保障嫌疑人的合法权益极为不利。对于存疑不诉的被不起诉人，社会上一般认为对其被不起诉也是“不清不白”的评价，是罪与非罪悬而未决的。存疑不起诉决定一经宣布，被不起诉人将会受到各种不平等待遇，如晋级、提升、调资等受到影响。
虽然该规定一定程度保护了被害人的利益，检察机关保留对嫌疑人的公诉权，是积极的。但从另一方面看，疑罪从无也是我国一项重要的刑罚原则，也是国际惯例，对于补充侦查证据不足的，理应由法院作出被告人无罪的判决，或检察机关应作出嫌疑人的行为不构成犯罪的决定，而终结诉讼。
