一、性质不同：罚金是我国《刑法》规定的一种附加刑，既可以附加于主刑适用，也可以独立适用;罚金作为一种财产刑，以剥夺犯罪人或犯罪单位的金钱为内容，是人民法院剥夺犯罪人或犯罪单位财产权利的最严厉的法律制裁方法。司法罚款是人民法院对妨害民事、行政诉讼行为采取的强制措施，目的是制裁妨害诉讼的行为，防止妨害诉讼行为的再次发生。行政罚款是行政机关对违反行政法律规范行为的处罚方式，是行政机关剥夺行政相对人部分财产权利的具体行政行为。
二、作出决定的机关不同：罚金由人民法院在《刑事判决书》中作出判决;司法罚款由人民法院作出《决定书》;行政罚款由主管行政机关、法律法规授权的组织或者受行政机关委托的组织依法实施，作出《行政处罚决定书》。
三、法律依据不同：人民法院判处罚金的法律依据是《刑法》和《刑事诉讼法》。人民法院作出罚款决定的法律依据是《民事诉讼法》和《行政诉讼法》。行政机关作出罚款决定的法律依据是有关行政法律规范和《行政处罚法》。
四、适用的对象不同：《刑法》规定的罚金具有广泛的适用对象，既可适用于处刑较轻的犯罪，也可适用于处刑较重的犯罪;主要适用于经济犯罪、财产犯罪和其他故意犯罪。司法罚款的适用对象是：严重扰乱法庭秩序的人，阻止、妨害证人作证的人，隐藏、转移、变卖、损毁已被查封、扣押财产的人，阻碍司法工作人员执行职务的人，拒不履行人民法院生效判决、裁定的人，拒不履行协助调查、协助执行义务的单位。行政罚款的适用对象是各种违反行政法律规范的人和单位。
五、缴纳的金钱数额不同：《刑法》第52条规定：“判处罚金应当根据犯罪情节决定罚金数额。”对部分犯罪规定了罚金限额(如伪造货币罪并处罚金5万元以上50万元以下)，对部分犯罪(虚假广告罪)没有规定罚金的具体限额。《民事诉讼法》和《行政诉讼法》规定，人民法院对个人的罚款金额为人民币1000元以下，对单位的罚款金额为人民币1000元以上30000元以下。行政法内容庞大，没有一部统一的法典，其罚款数额散见于各种法律规范文件之中;例如，《治安管理处罚条例》对不同的违反治安管理的人，规定1元以上5000元以下罚款。
六、申诉的程序不同：罚金是一种附加刑，判决生效后必须执行;犯罪人如遭遇不可抗拒的灾祸(地震、水灾、车祸等)，缴纳确有困难的，可以向人民法院申请减少罚金数额或者免除罚金;被判处罚金的犯罪人如果不服判决，先履行缴纳罚金的义务，然后按照《刑事诉讼法》规定的审判监督程序进行申诉。司法罚款决定书送达后，被罚款人应当按照决定书规定的时间和数额缴纳罚款;如果不服罚款决定，可以向上一级人民法院申请复议;上一级人民法院认为申请复议有理的，应当通知下级人民法院改变原决定;认为申请无理的，应当予以驳回;在复议期间，原罚款决定不停止执行。行政机关在罚款决定书中必须告知被罚款人有关申诉和起诉的权利;被罚款人应当在规定的期限内予以履行;如果不服处罚决定，可以在法定的期限内申请行政复议或者提起行政诉讼;在复议和诉讼期间，罚款决定不停止执行。
