一是要与有关的变造增值税专用发票行为区分开来。所谓变造增值税专用发票是指在真增值税专用发票的基础上或者以真增值税专用发票为基本材料，通过挖补、剪贴、涂改、揭层等加工处理，使原增值税专用发票改变数量、形态和面值的行为。有的通过变造以改变数字从而达到偷、漏税的目的，取得和虚开增值税专用发票一样的效果。现行刑法对变造增值税专用发票的行为如何认定处理没有明确规定，因而对变造行为的归属便产生了分歧。
二是虚开增值税专用发票犯罪的未遂问题。有人认为，虚开增值税专用发票犯罪的目的是为了非法抵扣税款，如果行为人仅虚开了增值税专用发票而没有非法抵扣税款，则应认定为犯罪未遂。我们认为这种观点是不正确的。因为我国刑法第205条第4款已明确规定，虚开增值税专用发票是指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开行为之一的。行为人只要实施上述四种行为中的一种，且达到定罪标准的，即可构成虚开增值税专用发票罪。所以从立法的角度可以看出，虚开增值税专用发票犯罪是行为犯，而非其他犯罪类型。因此，只要行为人虚开了增值税专用发票，即使没有能够抵扣税款，仍属犯罪既遂，而不能认定为未遂。那么虚开增值税专用发票犯罪有无未遂形态我们认为虚开增值税专用发票犯罪一般不存在未遂，但如果行为人在虚开过程中，还没来得及将虚开发票行为完成即被查获，这种情况是可以认定为未遂的。
