1．专利申请权纠纷
专利申请权纠纷是专利纠纷中的一类，主要包括：一是关于职务发明创造还是非职务发明创造的纠纷；二是关于谁是发明创造的发明人或设计人的纠纷；三是关于协作(合作)完成或者接受委托完成的发明创造，谁有权申请专利的纠纷。
2．使用发明创造的费用纠纷
专利申请公布或公告后专利权授予前使用发明创造的费用纠纷。根据我国专利法规的规定，从公布专利申请起，到授予专利权止这段时间内，如果有人使用该项已经申请专利的发明，申请人有权要求取得报酬，或者保留在专利权被批准后补收专利使用费的权利。有关当事人如果因此发生纠纷，专利权人可以请求专利管理机关进行调处，也可以直接向人民法院提起诉讼，
3．关于实施强制许可使用费的纠纷
强制许可就是非自愿许可，是指国家的专利主管机关不经专利权人的同意，经过行政程序允许符合条件的第三人利用该项发明专利或者实用新型专利，并向其颁发强制许可证，目的是限制专利权人垄断专利权。但是，被许可使用人应当向专利权支付使用费。有关当事人因此引起纠纷，可向人民法院起诉。
4．专利侵权纠纷
该类纠纷较多，主要包括未经专利权人许可，非法实施他人专利权的纠纷；假冒他人专利的纠纷；专利行政侵权纠纷，即专利机关作出了不符合专利法规定的专利实施强制许可决定和宣告专利权无效的决定，侵犯甚至剥夺了专利权人合法权利而引起的纠纷。
5．专利权归属纠纷
是指发明创造在被授予专利权之后，有关当事人之间就谁应当是真正的权利人所发生的确权纠纷。专利权属纠纷最常见的是职务发明还是非职务发明的争议，以及某项专利权是否属于共有而产生的争议。此类纠纷既可以由专利机关调处，也可以直接向人民法院起诉。这类纠纷只解决权属纠纷，即只解决专利权的主体，谁是专利权人，而不审查专利权的客体问题。
专利权归属纠纷与专利申请权纠纷有相似之处，即争议的焦点都是谁应真正持有专利技术。但是，专利权归属纠纷与专利申请权纠纷却是两类不同的纠纷。主要区别是：第一，从时间上看，专利申请权纠纷发生在专利权授予之前，而专利权归属纠纷是专利权被授予以后的纠纷；第二，从内容上看，专利申请权纠纷争议的焦点是谁对发明创造有权申请专利，而专利权归属纠纷是对已确定为专利的发明创造重新提出谁是专利权人；第三，从形态上看，专利申请权争议的标的能否被授予专利尚处于未决状态，而专利权届纠纷争议的标的则是实际存在的一项已经专利机关确认的专利；第四，从处理结果上看，专利申请权纠纷的处理不涉及专利权的归属，而专利权归属纠纷则必须明确判定谁是已被授予专利权的一项发明创造的真正权利人。
专利许可合同是指专利权人允许他人使用其专利发明或者实用新型的合同；专利转让合同，是指转让专利所有权的合同。转让后，专利权人即丧失了专有权，而受让人即成为新的专利专有权人。当事人之间所发生的这种专利合同纠纷，实践中正在增多。
