主合同与补充协议一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。
补充协议是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。
主合同因为有了补充协议，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。
补充协议的编号往往是以主合同为依托而表达的，如__号合同补1、补2，这是强调二者主从关系的实质体现。
因为有了补充协议这种特殊形式，能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。
2、补充协议的效力
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。
时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。
如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
3、补充协议与合同变更
补充协议对主合同补充太多的新约定，则该补充合同就难以称之为补充合同了。
补充协议对主合同修改得太多，超过了适当的量，或补充协议对主合同的实质要件进行了较大的补充修改。
比如对价格条款，技术标准，履约期限等约定进行了不利于其中一方的修改，这也不能称之为补充协议。
这些补充和修改已经符合合同变更的要求，应该称之为合同变更。
