一是删去了其中“本法规定的行政处罚，由县以上税务局（分局）决定”的规定。本法第十四条对原税收征收管理法第八条进行了修改，在税务机关的范围中增加了“按照国务院规定设立的并向社会公告的税务机构”，以适应国家正在实行的税收征管改革的需要。由于这些税务机构的名称、具体职责需要国务院根据本法第十四条的规定予以确定，因此本条未对具有行政处罚权的税务机关作具体规定。
二是将税务所可以决定的罚款数额从一千元以下提高为二千元以下。这主要是考虑到我国国民经济的发展，人民收入的提高，税收违法案件增多，这次修改税收征收管理法又相应地提高了税收违法行为罚款数额的下限，有必要适当扩大税务所罚款的权限。
三是将税务所可以决定罚款的对象从“个体工商户及未取得营业执照从事经营的单位、个人”扩大为所有的纳税人。这主要是考虑到税务所是最基层的税务机关，负责大量的税收征收、日常管理任务，将其可以决定罚款的对象限定在“个体工商户及未取得营业执照从事经营的单位、个人”，而对主要纳税对象，特别是从事生产、经营的单位不具有罚款的权力，不利于提高税收征收效率，不利于充分发挥税务所在税收征收管理方面的职能。
四是删去了“税务机关罚款必须开付收据”的规定。这主要是考虑到行政处罚法已对行政机关作出行政处罚决定的程序、行政处罚决定的内容、要求等作出了明确规定，本法可以不再就此问题作专门规定。
