关于问题一，属于夫妻财产约定。我国法律默认夫妻财产是婚前所得个人所有，婚后所得共同所有，所以房子是男方购买并登记在男方名下，默认是男方的个人财产。尽管《协议书》中约定房子归女方，但在法律框架内只能理解为男方赠与给女方的合同，尽管在法律上有约束力，但仅为理论上，因为赠与在过户之前是可以随时反悔的。因此女方若想保证房子是自己的，需在不动产登记机关将房屋所有人变为自己，起码和男方的名字都要有。
关于问题二，属于夫妻财产约定。有无歧义意义不大，一方面是因为存款很容易花光，另一方面是因为《协议书》中的约定与法律默认的情况吻合，所以没有意义。
关于问题三，属于离婚财产分配。第一，不违背离婚自由。离婚自由和离婚财产分配是两回事，夫妻双方的协议不能限制离婚自由，如果有限制，也仅仅是限制离婚自由的条款无效，协议其他约定不受影响。第二，《协议书》中第6条其余“净身出户”的约定，是离婚财产分配约定，对于这种离婚很早之前就达成的财产分配协议的效力问题，不同法院有不同的观点，建议你查询你当地判例集或者法院内部的审判指导意见，确定当地法院的效力，当然这也没有多少意义，因为随着时间改变，法院的审判思路也可能会改变，而且将来的离婚诉讼不一定就发生在现在的居住地，所以，不要对净身出户条款报太大希望。
关于问题四，有效力。公证的意义只是证明力更强，或者说没有相反证据就认可公证的结果，公证的结果在出现相反证据的情况下仍可能被推翻。本《协议书》的关键在于净身出户条款有没有效力，而不是该协议是真是假，所以做公证意义不大。
另外，你们的第5条其实存在漏洞。第5条属于夫妻财产约定，约定夫妻债务个人所有，法律默认夫妻债务共同所有，所以将来在实践中，一定要确保第三人知晓你们是夫妻债务个人所有。例如，假设男方向第三人借钱，你知道，要想法在借条中写上夫妻债务个人所有；如果男方偷偷借钱，你事后知道，一定要给第三人打录音电话或者发传真，告知其你们的债务个人所有，否则这条不会有多少作用的。
最后，夫妻家庭和睦不是靠法律靠协议能保证的，而是靠感情；但如果真决定要离婚，在向男方摊牌前要提前准备。祝福你们白头偕老。
