根据《劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。《工资支付暂行规定》第六条规定，用人单位应将工资支付给劳动者本人。
劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。第十五条还规定，用人单位不得克扣劳动者工资。并在列举的企业可以代扣的情形中没有员工借款这一事项。由此可见，相关法律、法规和规章的立法本意，就是为了保护劳动者享有劳动报酬的权利，特别是《劳动法》规定的工资要支付给劳动者本人，其目的就是为了保障劳动者对自己的工资拥有自主使用的权利。
由于工资与借款分属两种不同性质的法律关系，分别受劳动法律法规和普通民事法律法规的调整，不能直接予以相互抵销。一旦双方发生争议，将分别按劳动争议和普通民事借款纠纷处理。劳动仲裁在处理此事宜时，一般都会仅处理工资部分，要求公司补发工资;而对借款部分则要求企业另行向法院起诉。
综上，律师建议，企业不宜在未取得员工书面同意的情况下擅自扣除借款，除非在扣款前取得员工书面同意且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
