根据《人民检察院刑事赔偿工作规定》第七条第二款，“但是对人民检察院因证据不足作出撤销案件决定书、不起诉决定书或者人民法院因证据不足作出已经发生法律效力的刑事判决书、裁定书申请赔偿的，人民检察院的逮捕、拘留决定有无违法侵犯人身权情形，应当依法进行确认。”因证据不足不起诉而申请国家赔偿的，必须依法对逮捕、拘留决定有无违法侵犯人身权情形依法进行确认，而不能直接进入赔偿程序。采用了先确认后赔偿的程序。
根据《人民检察院刑事赔偿工作规定》第七条，“证据不足的撤销案件、不起诉案件或者判决无罪的案件，应当由人民检察院分别下列情形对检察机关作出的逮捕、拘留决定有无侵犯人身权情形依法进行确认;(一)对不能证明有犯罪事实或者不能证明有犯罪重大嫌疑的人错误拘留的，予以确认;(二)对不能证明有犯罪事实的人错误逮捕的，予以确认;(三)对有证据证明有部分犯罪事实的人拘留、逮捕，或者有证据证明有犯罪重大嫌疑的人拘留的，不予确认。”该条对不予确认的情形作做了列举性，根据相反解释方法，除了上述情形，都属于违法侵权情形，检察机关应该予以确认。有两点特别值得注意：1、拘留包括的是“不能证明有犯罪事实或者不能证明有犯罪重大嫌疑的”，而逮捕仅包括“不能证明有犯罪事实的”，两者包含的情形不一样;2、判断逮捕是否属于违法侵权情形，不是根据是否符合刑事诉讼法中关于逮捕的条件，而是根据最终是否能证明有犯罪事实，采用了结果认定，这样更好的保护了被不起诉人的利益。
在违法侵权情形得到确认之后，案件才可能进入国家赔偿程序，在不具备《国家赔偿法》不予以赔偿的情形时，赔偿请求人将依法有权获得国家赔偿。
