协商需要医患双方共同努力促成，医患双方在自行沟通无效的情况下，还可以寻求第三方介入调解，常见的是行政调解和人民调解委员会调解。
比如在一些较为严重的医疗纠纷中，甚至在构成医疗事故的情况下，如果医疗事故已经认定，而医患双方就最终赔偿数额达不成一致意见的话，医患双方可以向卫生行政部门即当地卫生局提出调解申请，由卫生局委托有关医学会做医疗事故技术鉴定，以确定是否构成医疗事故以及构成几级医疗事故等，并最后依此确定赔偿数额。这种有卫生局参与的调解即行政调解，这是2002年9月1日实施的《医疗事故处理条例》新增的一种解决医疗事故赔偿民事争议的机制。这种解决方法借助行政机关的努力来促成医疗事故赔偿的确定，一是第三者的参与协调有利于较为快速地解决纠纷赔偿;二是卫生行政机关以其自身的行政影响力有助于医患双方在一定程度上互为退让从而促使纠纷解决，其优势较为明显。
除此之外，近年来，随着医疗纠纷的逐渐增多，人民调解委员会在化解医患纠纷矛盾中发挥了重要作用。医疗纠纷人民调解委员会，简称医调委，是依法设立的专业从事医疗纠纷调解的群众性组织。医调委调解医疗纠纷，不收取任何费用。在医疗纠纷中，贯彻“调解优先”原则，引入人民调解工作机制，充分发挥人民调解工作预防和化解矛盾纠纷的功能，积极参与医疗纠纷的化解工作，对于建立和谐的医患关系，最大限度地消除不和谐因素，更好地维护社会稳定具有十分重要的意义。医疗纠纷人民调解委员会调解医疗纠纷按照国务院《人民调解委员会组织条例》、司法部《人民调解工作若干规定》的要求开展，对于需要进行相关鉴定以明确责任的，经双方同意，医疗纠纷人民调解委员会可以委托有法定资质的专业鉴定机构进行鉴定。调解成功的一般应当制作人民调解协议书，人民调解委员会应当督促当事人履行协议。
首先，第三方介入调解的原则是当事人双方自愿。换句话说，无论是卫生行政部门还是人民调解委员会调解医疗损害赔偿纠纷，自愿原则都应该贯穿整个调解程序：如果一方当事人不同意由第三方参与调解，自然就无法开始调解程序;如果一方当事人不同意相关责任的认定，调解程序自然无法继续;如果一方当事人不同意最后的赔偿数额，调解程序也就无果而终。其次，卫生行政部门或者人民调解委员会在协助调解时，提供的计算赔偿数额依据应当是依法合规的，也就是说这个赔偿数额是有据可依的，需要凭事实、凭法律法规确定，而不是卫生行政部门或人民调解委员会空想杜撰出来的。最后，经调解双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行。当然，第三方介入调解并不是无限期的，为了事情最终解决着想，调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门或者人民调解委员会均不再调解。
卫生行政部门或者人民调解委员会的参与有助于医患双方在专业人士的指导下快速地解决纠纷，患方也可以尽早得到赔偿，减少等待时间。尤其对比医疗纠纷诉讼中的举证难、鉴定慢等情况，第三方介入调解无疑是纠纷解决的绿色通道。当然，若达不成协议，或达成协议后反悔，再行提起诉讼，也可能反而拖延赔偿纠纷的处理。到底是先行申请行政调解还是直接寻求司法救济，当事人应当结合具体情况进行选择。
