1、由于当事人的诉讼请求少于仲裁裁决事项，导致已被仲裁裁决所支持的事项无法申请强制执行。
在实践当中，大多数劳动争议仲裁案件都是由劳动者申请仲裁，用人单位是被申请人，很多的仲裁裁决结果都是用人单位履行义务，因此，仲裁裁决之后，大量的诉讼案件是由用人单位作为原告向法院提起诉讼。用人单位起诉后（如起诉请求判决用人单位不向劳动者支付经济补偿金），法院经审理认为应支持其诉请，则判决用人单位不支付经济补偿金；如法院认为其诉请不应得到支持，则判决用人单位支付经济补偿金若干元。这里的问题在于，根据“不告不理”的民事诉讼基本原则，法院的审理是依据原告（用人单位）的起诉而进行，对于原告并未起诉的仲裁裁决内容，则不在法院审理范围内。在仲裁裁决结果为用人单位履行多项给付义务时，这导致已经被仲裁裁决所支持而当事人双方均无异议的部分裁决内容因裁决书的无效，而无法得到执行。
在仲裁裁决之后劳动者一方不服而起诉时也经常出现这样的问题。在实践当中，有的劳动者只是对裁决中的部分事项不服，而起诉时只将不服的部分仲裁裁决内容列为诉讼请求，法院固然也只是针对劳动者的诉讼请求进行审理和判决，不论法院是否支持其诉讼请求，已经被仲裁裁决所支持的部分事项因裁决书的无效而变为一只空文，劳动者要求用人单位履行其未起诉部分的裁决事项也没有有效的裁判文书。
《劳动争议仲裁调解法》及《劳动合同法》等对相关问题的规定并不完善，在起诉后仲裁裁决即不生效的规定及“不诉不理”基本原则的制约下，劳动者容易陷入被动不利的局面。特别是仲裁裁决之后，劳动者对裁决结果并无异议因而未起诉，而用人单位因对多项裁决内容中的某一项不服（如加班费），在收到裁决书十五日内提起诉讼。在法院审理过程中，认为劳动者主张（加班费）依据不足，而判决用人单位不支付加班费。事实上双方对于加班费之外的其他项仲裁裁决内容（如经济补偿金、工资等）并无异议，判决生效之后，劳动者要求用人单位支付仲裁裁决所支持的如经济补偿金、工资等时，若用人单位拒绝，则劳动者就陷入没有合法有效的执行依据的困境，因为仲裁裁决不生效，而法院判决书只对加班费进行判决。这显然不利于对劳动者合法权益的保护。
2、法院审理过程中可能会产生的问题。
不仅仅是当事人对上述问题容易产生误解，少数法官在审理这类案件时也会犯错，比如说如果劳动者及用人单位均对仲裁裁决不服而起诉，虽起诉立案时是两个独立的案件，但法院也应当合并审理（劳动者与用人单位互为原、被告），做出一份判决书。而有的法官却错误地将两案分开审理并做出两份判决书，更大的错误是判决结果存在冲突。举例说明，仲裁裁决用人单位支付加班费5000元，用人单位不服起诉请求判决不支付加班费，劳动者不服起诉请求判决支付加班费10000元，法院错误地将两案分开审理，且两份判决书均判决“用人单位向劳动者支付加班费5000元”，显然两份判决完全重复，其审理程序违法。
综上所述，劳动争议仲裁与诉讼程序的衔接环节中容易出现问题的主要是上述两方面，为了在诉讼过程中给自己带来不必要的麻烦，在衔接阶段最好能避免上述的问题。如果靠自己难以解决的最好能聘请专业的律师代为处理，而经济困难者不妨寻求当地法援的帮助。
