①使用发票不同。小规模纳税人销售只能使用普通发票,不能使用增值税专用发票，购买货物与一般纳税人相同，可以收普通发票也能收增值税专用发票，二者收取增值税专用发票后帐务处理不同.一般纳税人按价款部分入成本,税款部分入“应交税金--应交增值税--进项税额“帐户;小规模纳税人则按全额进入成本。
②应交税金的计算方法不同。一般纳税人按“抵扣制“计算税金,即按销项减进项后的余额交税.小规模纳税人按销售收入除于(1 适用税率)后的金额再乘税率计算应交税金，工业6%，商业4%。
③税率不同，一般纳税人分为0税率、13%税率、17%税率。小规模纳税人，商业企业按4%;工业企业按6% ，(免税的除外)。
2、一般纳税人可以开具普通发票，普通发票的税率与专用发票的税率是相同的。大多数一般纳税人的税率是17%，有少数的一般纳税人的税率是13%，根据销售的产品税率而定，自来水公司可以开具税率为6%的专用发票。
实质性区别就是是否可以抵扣。专用发票有抵扣联，必须通过专用开票机或者通过税局代开，通过认证并符合条件的可以用于进项税抵扣。而普通发票不行。
当然，专用发票不是唯一可以进行进项抵扣的凭证。
为了满足抵扣认证的需要，增值税专用发票都是有固定样式的。
发票是用来计算企业当月的成本的，通常在购买货物，在饭店用餐等情况下可以要求开发票，但是税票这是特定的，税票这是公司在税务局报税以后由税务局的工作人员给出具的交税凭证，并且现在的专用的增值税发票和普通的税务发票也是不一样的。
