(一)人民法院是司法机关，劳动仲裁委员会是行政机关，人民法院既无权维持劳动争议仲裁委员会的裁决，亦无权改判或发回劳动争议仲裁委员会的裁决。劳动仲裁委员会只有在当事人服从裁决而不向人民法院起诉的情况下在能显示其存在的必要性，只要一进入司法程序，劳动争议仲裁委员会所做的工作就没有任何价值。而根据目前具体的司法实践来看，当事人不服仲裁裁决的比例大大超过了服从裁决的比例，这就造成了国家人力资源的巨大浪费。
(二)劳动争议案件的处理经过一裁二审，处理和审理时间加在一起，比一般的普通民事案件的审理时间还要长，以至于当事人付出更多的时间和精力，导致了其自身诉讼成本的加大。
(三)在处理劳动争议案件的过程中，出现了劳动仲裁程序和民事诉讼程序诸多的积极冲突和消极冲突的问题。立法的不明确造成了行政机关和司法机关职权的不明确，无形中损害了行政机关和司法机关的形象。更大的弊端则是目前这种处理劳动争议案件的方式在具体的实践中缺乏法理依据、法律依据和可操作性。尽管最高人民法院和劳动部屡屡采用解释、细则、答复、说明等多种方式来弥补其不足，但往往是治标不治本，头痛医头，脚痛医脚。要作到既要符合我国的立法精神，又要处理好具体的案件，往往是不能两全其美，只能照顾其中一个方面的需要了。但这样所带来的危害后果是巨大的，不仅给法律的适用带来了混乱的隐患，还有可能影响到我国的法律架构的统一性和完整性。
