虽然目前国际上对商业秘密一词尚未作出统一定义，但很多国家的法律和国家公约明确规定了计算机软件属于商业秘密范畴。我国最高人民检察院、国家科学技术委员会1994年联合发布的《关于办理科技活动中经济犯罪案件的意见》将技术秘密解释为不为公众所知悉，具有实用性、能为拥有者带来经济利益或竞争优势，并为拥有者采取保密措施的技术信息、计算机软件和其他非专利技术成果。各国法律并未对运用商业秘密保护计算机软件设置障碍，重要计算机软件符合商业秘密的构成要件即可作为商业秘密受到法律保护。
但该方法仍存在缺点：需要花费大量的成本和严密的措施防止泄密，而且不能阻止第三人通过自行开发、反向工程产生同样功能的软件。
除了以上几种保护方法，计算机软件作为一种特殊的知识商品，理应获得商标专用权的保护。而我国的软件开发者大多忽视对这种保护方法。我们还可以通过反不正当竞争保护、合同法保护、企业采取的自我保护措施，如加密防复制等各种方法形成保护。
由上可见，计算机软件具有的独特性，使得版权法、专利法、商业秘密等，其中任何一种都无法完善得给予软件开发者保障。所以软件开发商结合上述几种方法，共同维护自身利益是当前较为可行、安全的方式。
