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法律分析：
（1）被收购公司款项分配遵循法定顺序和约定。先支付清算费用、职工工资、社保费用与法定补偿金，缴纳税款，清偿债务，之后剩余财产有限责任公司按股东出资比值分配，股份有限公司按股东持股比值分配。
（2）若公司章程有特别约定且不违反法律强制性规定，按章程执行；股东间有分配协议，依协议处理。
（3）整个分配过程要公开透明，保障各利益相关方知情权和合法权益。
提醒：
分配时要严格按规定和约定进行，确保合法合规。不同公司情况有别，若遇复杂问题，建议咨询专业法律人士分析。
1.被收购公司款项分配需遵循法定顺序与约定。先支付清算费用、职工工资、社保费和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务。完成这些清偿后，有限责任公司按股东出资比值分配剩余财产，股份有限公司按股东持股比值分配。
2.若公司章程有特别约定且不违反法律强制性规定，按章程执行；股东间有分配协议的，依协议处理。
3.为保障各利益相关方权益，分配过程要公开透明，让各方了解款项分配情况。公司应做好信息披露工作，制定详细分配方案并向相关方说明。同时，要严格按照法律规定和约定进行分配，避免出现违规操作，确保分配的公平。
结论：
被收购公司款项分配要按法定顺序进行，先支付清算等费用、缴纳税款、清偿债务，剩余财产有限责任公司按出资比值、股份有限公司按持股比值分配；若章程有特别约定且不违法，按章程执行，股东间有分配协议也依协议处理，分配要公开透明保障各方权益。
法律解析：
依据《中华人民共和国公司法》，公司被收购后款项分配有明确规则。法定顺序是为了保障公司运营过程中各方面的合法权益，比如支付职工工资和补偿金是对劳动者权益的保护，缴纳税款是履行对国家的义务。有限责任公司和股份有限公司按不同比值分配剩余财产，体现了其不同的资本构成和股东权益基础。而公司章程的特别约定和股东间的分配协议，只要不违反法律强制性规定，就尊重了公司自治和股东间的意思自治。在整个分配过程中，公开透明能避免暗箱操作，保障各利益相关方的知情权和合法权益。如果您在公司被收购款项分配方面遇到问题，或者想了解更多相关法律知识，欢迎向我或专业法律人士咨询。
（一）遵循法定顺序分配款项，先支付清算费用、职工工资、社保费用和法定补偿金，接着缴纳所欠税款，再清偿公司债务。
（二）完成法定清偿后剩余财产，有限责任公司按股东出资比值分配，股份有限公司按股东持有的股份比值分配。
（三）若公司章程有特别约定且不违反法律强制性规定，按章程约定执行。
（四）公司股东间有分配协议的，依协议处理。
（五）分配过程要公开透明，保障各利益相关方知情权和合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第一百八十六条第二款规定，公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比值分配，股份有限公司按照股东持有的股份比值分配。
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