1、客观方面不同。前者在客观方面表现为,违反国家有关医疗管理的法律、法规的规定,非法行医,情节严重的行为。后者在客观方面表现为,医务人员在合法的诊疗护理过程中,违反规章制度,严重不负责任,造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。
2、主体不同。前者的主体是不具有医生执业资格的人,而后者的主体是已经取得医生执业资格的医务人员
3、主观方面不同。前者对行为人造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果,所持的心理态度既可以是过失,也可以是间接故意,但对于违反医疗管理制度的行为,则是直接故意。后者对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失。
4、从前提上说,非法行医以该诊疗行为不得为之为前提,医疗事故以该医疗行为可以为之为前提。
5、从民事责任承担说,非法行医中由行为人或其所属单位承担,医疗事故则由医疗机构承担。
6、从赔偿性质和范围说,非法行医致人损害是一般民事侵权赔偿,其赔偿的项目从法律规定看富有弹性,并且其计算标准与时间或作原则性规定或不予限制。医疗事故性质上也是侵权,但其赔偿的项目、标准、时间均有严格限制。