如果劳动合同只约定了劳动者的工资标准，但没有约定加班工资基数，此种情况下应按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定加班工资基数。但是，这种情况也要考虑劳动合同中约定的工资标准是否合理。因许多用人单位实际工资标准往往高于劳动合同约定的工资标准，且除了劳动合同约定的工资外，劳动者还可能从用人单位领取一定数额的奖金、津贴等。如果仅按照合同约定的工资标准作为加班工资基数，实际上把劳动合同约定之外的劳动者在正常劳动情况下所取得的奖金和津贴等收入排除在了劳动者加班工资的基数之外。这不符合《劳动法》第四十四条规定的加班费计算基数应为劳动者“正常工作时间工资”的规定。
2、劳动合同既约定了工资标准，又约定了加班基数。
用人单位与劳动者在劳动合同中既约定了工资标准，但同时又约定了低于最低工资标准或劳动合同约定的工资标准作为加班费工资基数，劳动者主张以劳动合同约定的工资标准作为加班工资基数的，实践中有些地方对此支持，比如北京。也就是说劳动合同约定的加班费基数不得低于劳动合同中约定的工资标准。
(二)劳动合同未明确约定劳动者的工资标准
1、劳动合同既未约定工资标准，也未约定加班基数。
劳动合同没有明确约定工资数额，也未约定加班基数的，应当以劳动者本人正常劳动应得工资作为计算基数。这种情况，通常用人单位与劳动者就津贴、补贴是否计入工资产生争议。劳动者正常工作工资应为员工每月正常工作的固定工资收入，在实行结构工资制的企业，应至少包括基本工资和岗位工资。如果津贴、补贴每月固定发放，则应该计入工资总额。《深圳市员工工资支付条例》的规定，除一次性的津贴补贴以外，其他津贴、补贴均属标准工资。
2、劳动合同中未明确约定工资标准，但约定了加班费基数。
许多地方性规定，就加班费基数如何计算仅分为两类标准，一类是劳动合同中约定了工资标准，此种情况上边已经详述;另一类就是劳动合同中未约定工资标准。而对于是否约定了加班费基数没有做相应的规定。因此，对于“劳动合同中未明确约定工资标准，但约定了加班基数”这种情况，应该首先归入到“劳动合同未约定工资标准这一类”，即按照劳动者应得工资作为加班工资计算基数。但是，如果劳动合同中同时约定的加班基数高于劳动者应得工资的，因该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，且是双方真实的意思表达，属于有效的约定，且根据劳动合同法倾向于保护劳动者的立法目的，应该以劳动合同中约定的加班费基数计算。
