医疗事故技术鉴定的启动程序有三种，分别是：卫生行政部门移交鉴定(行政鉴定)、医患双方共同委托鉴定(自行鉴定)和法院委托鉴定(司法鉴定)。
1、卫生行政部门移交鉴定(行政鉴定)：指卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者接到医患双方当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当书面移交负责首次医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。 当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起1年内，可以向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。
2、医患双方共同委托鉴定(自行鉴定)：指医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，应当由双方当事人共同书面委托医疗机构所在地负责首次医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
3、法院委托鉴定(司法鉴定)：是指法院在民事审判中，根据当事人的申请或者依职权决定进行医疗事故司法鉴定的，交由医学会组织鉴定。
值得注意的是，重新鉴定是针对原鉴定而言的，即原鉴定既可以是首次鉴定，也可以是再次鉴定，办要卫生行政部门认为鉴定存在鉴定程序方面的问题、需要重新鉴定的，组织原鉴定的医学会就必须重新组织鉴定。因此，首次鉴定和再次鉴定都存在重新鉴定的可能。而再次鉴定是针对首次鉴定而言，其产生的原因和提起途径也与帝王将相鉴定完全不同。若对再次鉴定仍不服怎么办?当事人是否能直接委托中华医学会组织第三次鉴定呢?从现有法规和规章的规定来看，是不行的。根据有关规定，“必要时，对疑难、复杂并在僵有重大影响的医疗事故争议，省级卫生行政部门可以商请中华医学会组织医疗事故技术鉴定”，可见对再次鉴定仍不服，当事人只能向省级卫生行政部门提出申请，由省级卫生行政部门判定此医疗事故争议是否“属于疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议”以及有无必要提请中华医学会进行第三次鉴定。
