独占实施许可的被许可人有独占性的实施专利的权利，专利权人自己也不能实施。这是明确的。但是独占实施权是在合同约定的范围内有效还是在专利权的有效地域范围和期限内有效，尚有争议⒅。不管怎样，许多国家都规定独占实施许可合同应进行登记。这是因为独占实施并非普通的债的关系，不仅在合同当事人间产生效力，而且对第三人也有约束力。如果把专利权看作一种“无形物”，那么独占实施就是对该“物”的独占使用，带有强烈的“物权”意味。又由于专利权的无形，如果不对这种独占进行“公示”，既不利于保护独占实施被许可人的权利，也会给善意第三人带来损害。
但各国对独占实施许可合同登记的法律效力规定不同，有的规定：只有经过登记，独占实施许可才生效⒆;有的规定：不登记，独占实施许可合同也在双方当事人间生效，但只有经过登记，才有权对抗第三人⒇。我国法律对专利实施许可合同只要求在合同生效后三个月内向专利局备案
(21)，但备案的法律效力如何却不明确，这是立法上的漏洞。有学者主张我国独占许可实施合同采用登记生效的制度
(22)。笔者以为采用“登记对抗”的制度更合理些，特别是在第三人被告知或者明知存在独占实施许可合同，而该合同又未登记的情形。如果依“登记生效”，因为许可未生效，被许可人显然无法对抗该第三人依法取得权利;而依“登记对抗”，即使未登记，被许可人仍有可能对抗该第三人
(23)，因为这时第三人取得权利可能会被认为具有恶意，而恶意第三人是不属于“不得对抗”之列的。当然，这也有赖于法律明确。
如果采用登记对抗制度，独占实施许可合同对第三人的对抗效力会有哪些情形呢?参见下表(笔者个人意见)：
独占许可登记状况
第三人
第三人登记状况
对抗效力
独占许可登记前
专利权的受让人
已登记
独占许可合同不能生效，不能对抗受让人
未登记
独占许可合同可以生效
专利独占许可实施人
已登记
不能对抗后一独占被许可人
未登记
互相不能对抗
专利普通许可实施人
已登记
不能对抗后一普通被许可人
未登记
互相不能对抗
独占许可登记后
专利权的受让人
也登记
被许可人可以对抗受让人★
未登记
被许可人可以对抗受让人
专利独占许可实施人
也登记
不应出现(但恶意第三人，也可对抗)
未登记
可以对抗后一独占被许可人
专利普通许可实施人
也登记
不应出现(但恶意第三人，也可对抗)
未登记
可以对抗后一普通被许可人
登记后的独占实施权人除了能够对抗第三人外，对专利权人放弃该专利权的行为也可拥有否决权
(24)，以保障自己的权益。当然还可以产生对侵权行为的起诉权(后面详述)。
